1999年1月25日，国务院批复了《长江上游水污染整治规划》，充分表明了党和政府对三峡工程生态与环境保护的高度重视。

　　1999年，三峡工程各项主体工程从基础开挖转入大规模混凝土浇筑施工。全年完成458.5万立方米混凝土浇筑量，创造了水电建设的世界新记录。三峡工程库区移民工作继续深入开展，坝区移民安置问题得到妥善解决。长江三峡工程生态与环境监测也取得了丰硕的成果。

　　监测结果表明：库区社会、经济继续快速、健康、协调发展；人群健康未出现异常，在大灾之后没有出现大疫；库区自然生态总体仍维持原有状态，植物种类丰富，鳗苗等渔业资源有所恢复，中华鲟、白暨豚等珍稀濒危水生动物得到了有效保护；重点工业污染源污染负荷有所降低；三峡工程施工没有对长江干流水质造成明显影响，干流水质继续保持Ⅱ、Ⅲ类水的良好状态，年际变化不明显。

　　但是，监测结果也显示，由于人为活动影响，库区一些珍稀水禽已成为短暂停留的旅鸟；库区农村能源短缺，薪炭林面积和薪柴量持续下降，水土流失严重；库区崩塌、滑坡等地质灾害增多，经济损失较大；库区船舶污染事故和倾倒垃圾行为时有发生，对江水造成的污染严重；库区污染治理进度缓慢，特别是城市污水处理厂、垃圾处理厂建设严重滞后，几乎所有污水均直排长江干流及其主要支流，大部分垃圾向长江倾倒或堆弃在江边，给大坝蓄水后的库区水质带来重大隐患。