2006年，三峡工程稳步推进，主要控制目标均如期实现，由围堰发电期转入了初期运行期。5月20日，长达2309米的三峡大坝全线到顶，比设计工期提前10个月达到185米设计高程；6月6日，右岸大坝上游碾压混凝土(RCC)围堰高程110米以上部分被成功拆除，大坝开始全面挡水；10月27日，156米蓄水目标成功实现，比初步设计提前一年，防洪库容达到110亿立方米。汛期过后，导流底孔封堵、船闸完建工程相继开始，右岸厂房土建基本完成，为2007年和2008年完成右岸12台机组安装提供了良好条件。
　　
　　2006年，三峡工程建设主体工程混凝土浇筑63.02万立方米，金结机电安装2.26万吨。施工与安装合同项目(1～11月)共评定5974个单元工程，合格率为100%，优良率为94.0%。蓄水后，三峡电厂左岸14台机组出力全部达到700兆瓦，最大出力达到980兆瓦，全年累计发电492.49亿千瓦时；三峡至葛洲坝梯级电站全年累计发电638.79亿千瓦时。船闸在其完建施工期间由双线运行改为单线运行，通航压力巨大，枢纽运行管理部门通过加强管理、科学调度，提高了船闸的运行效率，有力地支援了国家经济建设。
　　
　　2006年，在长江发生百年不遇大旱的特殊来水形势下，三峡工程通过“精确预报，精心调度”，保证了电力和航运安全，实现了水库156米蓄水，在防洪、发电、航运等方面的综合效益开始全面显现。