2006年，三峡库区水环境质量监测内容包括长江干支流水质监测和支流“水华”监测。水质评价执行《地表水环境质量标准》（GB3838-2002），水体综合营养状态评价执行中国环境监测总站制定的“湖泊(水库)富营养化评价方法及分级技术规定”。
　　
　　5.1 库区水质监测
　　
　　2006年，在库区长江干支流共布设13个水质监测断面，其中干流6个，分别为重庆朱沱、铜罐驿、寸滩、涪陵清溪场、万州沱口和巴东官渡口；一级支流7个，分别为嘉陵江北碚、临江门、乌江武隆、御临河口、澎溪河口、大宁河口和香溪河口。水质评价项目共13项，包括pH、溶解氧、高锰酸盐指数、五日生化需氧量、氨氮、石油类、总磷、汞、镉、砷、铜、铅和铬(六价)。
　　
　　5.1.1 干流水质
　　
　　2006年，库区6个干流断面中，铜罐驿、清溪场、沱口和官渡口断面年度水质为Ⅱ、Ⅲ类，朱沱和寸滩断面受石油类影响年度水质为Ⅳ类，断面达标率为66.7%。与上年相比，干流水质总体上有所下降，其中朱沱、寸滩断面水质类别由上年的Ⅲ类转为Ⅳ类，官渡口断面由Ⅲ类转为Ⅱ类，其余3个断面水质类别保持不变。

表5-1　2006年三峡库区长江干流断面水质类别

　　从各月情况来看，1～3月、5月和8月水质最好，各断面各月水质均为Ⅲ类，断面达标率均为100%。4月水质较好，除寸滩断面水质受石油类影响为Ⅳ类外，其余5个断面各月水质均为Ⅲ类，断面达标率均为83.3%。10～12月水质较差，除官渡口和沱口断面各月水质均为Ⅱ、Ⅲ类外，其余4个断面各月水质受总磷和石油类影响基本为Ⅳ类，其中11月断面达标率为50.0%，10月和12月均为33.3%。6、7月和9月水质最差，多数断面6月和9月水质为Ⅴ类，7月为劣Ⅴ类，断面达标率分别为50.0%、33.3%、16.7%，总磷和铅为主要影响因子。

表5-2　2006年三峡库区长江干流断面水质类别比例（%）

　　5.1.2 支流水质
　　
　　2006年，库区支流水质较差。7个断面中，仅北碚和武隆断面年度水质为Ⅲ类，其余5个断面年度水质均为Ⅳ类，断面达标率为28.6%。其中，临江门断面主要影响因子为石油类,4个河口断面主要影响因子为总磷。与上年相比，库区支流水质略有下降，临江门断面水质类别由Ⅲ类转为Ⅳ类，其余6个断面水质类别保持不变。

　　表5-3　2006年三峡库区长江一级支流断面水质类别

　　从各月情况来看，4月和8月支流水质较好，但各有1个断面超标，断面达标率为85.7%；其余各月水质较差，至少有2个断面超标，断面达标率变化在28.6～71.4%之间。

　　表5-4　2006年三峡库区长江一级支流断面水质类别比例（%）