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《中国近岸海域环境质量公报2003》由国家环境保护总局、农业部、中华人民共和国海事局共同编写，由国家环境保护总局统一发布。
2003年，国家环境保护总局近岸海域环境监测网对全国近岸海域进行了三期海水水质监测，监测点位共237个，其中渤海24个测点、黄海51个测点、东海79个测点、南海83个测点。监测项目为：水温、悬浮物、盐度、pH、溶解氧、化学需氧量(碱性锰法)、石油类、活性磷酸盐、无机氮（亚硝酸盐氮、硝酸盐氮、氨氮）、汞、铜、铅、镉等15项。
2003年，全国主要海洋渔业生态环境监测中心（站）对分布于黄海、渤海、东海和南海的38个重要水域（共268个测点）进行了监测，监测总面积1466万公顷。其中鱼、虾类产卵场、索饵场及自然保护区监测面积为1262万公顷，鱼、虾、贝、藻类养殖区监测面积为204万公顷。
海水质量评价采用《海水水质标准》(GB3097-1997)，其中：一类海水水质适用于海洋渔业水域、海上自然保护区和珍稀濒危海洋生物保护区；二类海水水质适用于水产养殖区、海水浴场、人体直接接触海水的海上运动或娱乐区以及与人类食用直接有关的工业用水区；三类海水水质适用于一般工业用水区、滨海风景旅游区；四类海水水质适用于海洋港口水域、海洋开发作业区。
海水质量评价方法采用单因子判别法，即某一测点海水中任一评价指标超过一类海水标准，该测点水质即为二类，超过二类海水标准，水质即为三类，依次类推。
浓度均值和样品超标率均以样品个数为计算单元，样品超标率计算时统一采用《海水水质标准》（GB3097-1997）中的二类海水标准。
海洋渔业水质评价标准采用《渔业水质标准》（GB11607－89），《渔业水质标准》（GB11607－89）中没有的项目，采用《海水水质标准》（GB3097－1997），其中产卵场、索饵场采用一类海水水质标准，养殖区采用二类海水水质标准。
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