经检查，部分自然保护区内仍存在有少量砍伐、开矿、挖沙等违规行为。金花茶自然保护区存在附近群众偷偷摸摸小规模乱砍乱伐、偷盗金花茶苗、种子、茶叶等破坏金花茶自然资源及生态系统的现象。北海市儒艮自然保护区存在附近群众挖沙虫（泥虫）、电（炸、毒）鱼以及海底拖网作业等非法捕捞行为。大明山自然保护区由于历史原因依然存在小规模采矿活动——大明山钨矿和武鸣县两江镇铜矿。下雷河自然保护区内周边小规模无证开采屡禁不止，靖西县古龙山自然保护区内也存在开采锰矿活动，这两个保护区内存在的采、洗矿现象对下雷河造成污染。自治区环保局对此非常重视，已将大新、靖西锰矿采选废水污染下雷河问题列为自治区第一批挂牌督办的案件。九万山保护区内的自治区级重点项目——宝坛电站正在建设当中，因为电站的修建，保护区内修了四条简易公路，损毁了少数人工林。

　　在自然保护区内开展的旅游活动对自然保护区的环境存在一定的影响。大明山自然保护区、龙虎山自然保护区的旅游配套设施都有宾馆、饭店，产生的生活污水和生活垃圾只作简易处理。青狮潭自然保护区和青狮潭风景名胜区存在交叉重叠问题，在开发利用过程中忽视了自然保护区的生态环境保护功能，易造成“吃子孙饭，断子孙路”不良局面；

　　个别保护区功能未划定，保护区界碑未设立，山界林权不清，保护区内有农业用地和群众居住点，群众在保护区内从事生产经营活动，常常发生矛盾和纠纷。如博白那林自然保护区，自成立以来没有得到上级部门统一规划，2001年只是由县林业局进行一次粗略总体规划设计，当时把全镇土地总面积全部纳入保护区管护范围，给当地群众正常生产生活带来一定影响。

　　对于保护区存在的问题，自治区环保局提出了整改要求，并制定了整改方案。要求有建设项目的自然保护区要重视项目建设中的环境保护，完善环保设施，尽快恢复施工区域的生态环境。对于保护区内的旅游项目，严格执行环境影响评价，对开发占用的林地要进行植被恢复，游区内控制游客人数、控制车辆进入保护区的次数、减少保护区内的生活垃圾和汽车尾气给保护区带来污染。对存在矿产开发项目的保护区，依法取缔，由于历史原因一时无法取缔的严格控制开采规模、范围。同时建议自治区人民政府发布自然保护区生态环境监督管理、生态环境违法案件移交处理、政府督办等相关办法与规定，或在将修改的《广西壮族自治区环境保护条例》中对自然保护区生态保护与执法部分进一步完善。